Ob ärztliche Gutachten umsatzsteuerfrei oder umsatzsteuerpflichtig sind, entscheidet auch darüber, ob der erstellende Arzt für die Vorleistungen zum Vorsteuerabzug berechtigt ist oder nicht.

Grundsätzlich sind Umsätze aus Heilbehandlungen im Bereich der Humanmedizin, die im Rahmen der Tätigkeit als Arzt erzielt werden, von der Umsatzsteuer befreit. Die Ausstellung von ärztlichen Zeugnissen und die Erstattung von ärztlichen Gutachten zählen ebenfalls zur Berufstätigkeit als Arzt und werden deshalb als steuerbefreite Umsätze angesehen.

Bei den folgenden Gutachten findet die Steuerbefreiung allerdings keine Anwendung:

-) Auf biologische Untersuchungen gestützte Feststellung einer anthropologisch-erbbiologischen Verwandtschaft (Vaterschaftsgutachten)

-) Untersuchungen über die pharmakologische Wirkung eines Medikaments beim Menschen und die dermatologische Untersuchung von kosmetischen Stoffen

-) Psychologische Tauglichkeitstests, die sich auf die Berufsfindung erstrecken

-) Ärztliche Bescheinigungen für Zwecke eines Anspruches nach dem Kriegsopferversorgungsgesetz 1957

Gutachten in laufenden Gerichtsverfahren

Bei ärztlichen Gutachten in laufenden Gerichtsverfahren bzw. im Rahmen einer außergerichtlichen Streitbeilegung ist auf den Grund der Erstellung des Gutachtens abzustellen, um eine Einordnung in steuerfreie oder nicht steuerfreie Umsätze vollziehen zu können. Werden Gerichtsgutachten zum Schutz der Gesundheit des Betreffenden erstellt, wie etwa Gutachten über die Vernehmungs- oder Verhandlungsfähigkeit oder Haftvollzugstauglichkeit, sind diese umsatzsteuerfrei.

Alle anderen Gerichtsgutachten stellen steuerpflichtige Umsätze dar, wie beispielsweise:

-) Gutachten für zivil- und strafrechtliche Haftungsfragen

-) Gutachten über ärztliche Kunstfehler oder Behandlungsfehler

-) Gutachten im Zusammenhang mit Invaliditäts-, Berufs- oder Erwerbsunfähigkeitspensionen sowie über Leistungen aus Unfallversicherungen

-) zur Feststellung des Grades einer Invalidität, Berufs- oder Erwerbsminderung

In einem Erkenntnis des Bundesfinanzgerichts wurde über die Frage entschieden, ob ärztliche Atteste zur Altersbestimmung von alleinreisenden jungen Asylwerbern der Umsatzsteuerpflicht unterliegen. Dies wurde von Seiten des Bundesfinanzgerichts bejaht, weshalb Leistungen in diesem Zusammenhang zum Vorsteuerabzug berechtigen.